Jan Verhoeye studeerde in 1983 af als licentiaat economische wetenschappen aan de Universtiteit Gent met grote onderscheiding. In 1985 werd hij speciaal licentiaat accountancy en fiscaliteit aan dezelfde universiteit met grote onderscheiding. Hij werd in 1987 extern accountant en in 2001 extern belastingconsulent.

Jan Verhoeye is docent aan Hogeschool Gent in de richting handelswetenschappen. Zijn belangrijkste opdracht is het vak algemeen boekhouden in de eerste academische bachelor en IAS-IFRS en vennootschapsbelasting in de tweede licentie (master) optie fiscaliteit en accountancy. 

Sinds 2008 is Jan voorzitter van de Commissie voor Boekhoudkundige waar hij al sinds 1994 lid van is. Ook is hij lid van de Supervisory Board van de European Financial Reporting Advisory Group (EFRAG) van de Europese Commissie. De Supervisory Board van EFRAG ziet toe op de invoering binnen de Europese Unie van de IAS-IFRS standaarden (International Accounting Standards – International Financial Reporting Standards).

Als extra schrijft hij elke dinsdag een fiscale column in DE TIJD en is hij ook nog directeur van het Hoger Instituut voor Accountancy en Fiscaliteit (HIAF).